日常运行
中心的日常运行，设中心主任和副主任各一名- 主任：王鼎兴，教授，清华大学
- 副主任：陈文光，教授，清华大学
技术委员会
中心设技术委员会负责中心的重大决策，委员11名，其中设技术委员会主任一名，副主任一名- 主任：郑纬民，教授，中国计算机学会副理事长，清华大学
- 副主任：张林波，研究员，中国软件行业协会数学软件分会理事长，中科院数学与系统科学研究院
- 钱德沛，教授，863专家，北京航空航天大学
- 谢向辉，研究员，863专家，国家并行机工程技术研究中心
- 王鼎兴，教授，清华大学
- 迟学斌，研究员，中科院计算机网络信息中心
- 莫则尧，研究员，北京应用物理与计算数学研究所
- 金之雁，研究员，中国气象研究院
- 杨广文，教授，清华大学
- 张云泉，研究员，中科院软件所
- 陈文光，教授，清华大学